1、專業代理記賬自身的弊端。第一，記賬過程中存在大量不規范、不真實的情況。經調查，很多較小的代理記賬公司記賬并不規范，會計科目的設立不準確，對于業務的紀錄不準確，憑證不真實；很多代理記賬公司的會計人員并不清楚被代理企業的日常經營狀況，只是根據企業提供的一些資料入賬，有時還故意作假使賬實不符。比如有的商品已售出，未作銷售，從而有賬無物，或無賬無物；有的商品售出，因原材料發票未到，也未作估價入賬，進而多轉、少轉或不轉銷售成本，賬面價值嚴重偏離實際價值；存貨不及時定期盤點，存貨的丟失、虧損和盈溢不作賬務處理等，造成數量不實；甚至還有許多代理記賬公司的會計人員為了滿足企業偷逃稅款的要求，在賬務處理時，對該作收入的不及時作收入，貨款在預收賬款、其他應付款科目中掛賬，以收據在往來賬戶中結轉，不交稅收、不作利潤。

    第二，在報稅方面的不利因素。稅務系統報稅時間集中，要求代理記賬公司賬務處理也要集中，使得代理記賬的業務難以擴大。

    第三，被代理的企業一般比較分散，而當前實行的是地域納稅制，并且各區局在許多具體納稅項目上存在著一定的差距，因此代理記賬機構的會計人員在報稅期間每天要跑幾個分局申報，浪費了時間，加大了成本。另外被代理企業賬務匯總集中，有的企業經常到報稅最后一天才把相關資料給代理記賬公司，這給代理記賬公司帶來了難度，常會造成來不及時報稅而被處罰的情況。